1966年10月，交通部決定在南京港建設海進江石油中轉裝卸區(qū)。1971年4月，棲霞山石油中轉裝卸區(qū)建成投產。1972年，南京港成為全國年吞吐量最大的內河港口。1980年2月27日，雨花號遠洋貨輪首航香港，南京港正式成為開辦對外貿易的港口。1986年3月20日，交通部宣布南京港對外開放。南京港是中國南北交通和江海運輸、水陸換裝、水水中轉的重要樞紐，是長江中上游地區(qū)對外貿易最便捷的中轉港。南京港正式對外開放，標志著中國對外開放的區(qū)域已由沿海地帶向長江流域推進。
南京港的主體南京港口集團公司，去年共完成吞吐量6798萬噸。目前，港口集團擁有碼頭泊位73座，其中萬噸級泊位20座，港區(qū)庫場面積100多萬平方米，港區(qū)鐵路18公里。
50年間，南京港先后經過4次大規(guī)模建設。從1959年起，對南京港浦口煤港區(qū)進行改擴建，使這個港區(qū)形成1200萬噸的年吞吐能力，并形成40萬平方米的堆場。上世紀70年代，投資興建了棲霞山油港區(qū)以及儀征市趙莊溝油港區(qū)，油港區(qū)年吞吐能力達到4000萬噸，成功地解決了沿江煉油廠的原油運輸問題。1982年至1990年間，分期建設的南京港新生圩外貿港區(qū)，能夠進行內貿外貿物資的裝卸作業(yè)、集裝箱中轉以及汽車滾裝作業(yè)，使這個港區(qū)可一次性?？咳f噸輪14艘，并具有2000萬噸的年吞吐能力。2004年3月建成試投產的龍?zhí)都b箱港區(qū)，設計年吞吐能力為52萬標準箱，目前實際年通過能力已經達到100萬標準箱。