朱巴位于南蘇丹共和國的中赤道州，是南蘇丹的首都和最大城市，也是中赤道州政府和朱巴縣政府所在地，人口約50萬，朱巴位處白尼羅河畔。朱巴機(jī)場有定期飛機(jī)航班往來蘇丹的喀土穆、肯尼亞的內(nèi)羅畢、烏干達(dá)的恩德培等地。
19世紀(jì)時，朱巴附近有個叫做岡多科羅(gondokoro)、充滿瘧疾和黑尿熱病(blackwaterfever)、駐扎一支鄂圖曼土耳其小規(guī)模南部邊境守軍的貿(mào)易站和傳教區(qū)。這里也是探險家塞繆爾·懷特·貝克(samuelbaker)的基地，他在1863-1865年與1871-1873年兩段時間到南蘇丹和烏干達(dá)北部探險。
1922年，一群希臘商人抵達(dá)岡多科羅一帶，在白尼羅河西岸建立朱巴鎮(zhèn)。他們和朱巴當(dāng)?shù)氐脑∶窠Y(jié)好，在朱巴建立日后成為商業(yè)區(qū)的貿(mào)易城鎮(zhèn)。希臘人蓋的這些屋子成為銀行、旅館和領(lǐng)事官邸，也是少數(shù)存留到1940年代的建筑物。
1899-1956年間，朱巴由英國和埃及共管，英國在1942年曾有過將烏干達(dá)北部和南蘇丹合并的提案，但之后沒有實(shí)行，反而是在1947年的朱巴會議(jubaconference)上將南蘇丹和北蘇丹統(tǒng)合為一個行政區(qū)。1955年，叛軍在南蘇丹城市托里特(torit)發(fā)動叛變，第一次蘇丹內(nèi)戰(zhàn)爆發(fā)。內(nèi)戰(zhàn)一直打到1972年才結(jié)束，但1983年內(nèi)戰(zhàn)再度爆發(fā)，朱巴成為政府軍和叛軍的重要戰(zhàn)略城市。
2005年，朱巴依據(jù)《全面和平協(xié)定》(comprehensivepeaceagreement)成為南蘇丹自治政府(governmentofsouthernsudan)的首府，這份協(xié)定也終結(jié)打了21年的第二次蘇丹內(nèi)戰(zhàn)。內(nèi)戰(zhàn)結(jié)束后，聯(lián)合國在朱巴增派維和部隊(duì)，那時朱巴的許多機(jī)構(gòu)仍仰賴肯尼亞的協(xié)助管理。聯(lián)合國人道主義事務(wù)協(xié)調(diào)辦公室(officeforthecoordinationofhumanitarianaffairs，ocha)也在當(dāng)?shù)卦O(shè)立營地，為聯(lián)合國機(jī)構(gòu)和非營利組織提供協(xié)助。
2011年7月9日，朱巴成為南蘇丹共和國的首都，南蘇丹正式從蘇丹共和國獨(dú)立。