毛細(xì)管色譜技術(shù)目前已用于各種復(fù)雜混合物分析，包括大氣及環(huán)境污染物質(zhì)、生物試樣、食品、礦物燃料、宇宙物質(zhì)和一些無機(jī)物及金屬有機(jī)物等。不過，目前市面上的毛細(xì)管色譜柱品種、規(guī)格、牌號繁多，選擇一根合適的毛細(xì)管色譜柱至關(guān)重要。一般來說，毛細(xì)管色譜柱的選擇需要考慮以下幾個因素：固定相、內(nèi)徑、柱長、膜厚。下面分別就這些因素加以討論。
1、固定相
色譜理論上講，選擇固定相遵循相似性原則，即：用非極性固定相分析非極性物質(zhì)，用極性固定相分析極性物質(zhì)，用含芳香基團(tuán)的固定相分析芳香族化合物。在填充柱時代，這個想法是非常正確的，因?yàn)槟莻€時候，分離度是首先需要把握的關(guān)鍵因素，分不開，就沒辦法想其它。它的理由在于塔板理論的推論，即：組分在固定相中有越大的溶解度，同樣的溶解度差異就會產(chǎn)生越大的分離度。
但是在毛細(xì)管色譜時代，分離度不再始終是分析的問題。毛細(xì)管具有幾十萬塊塔板，如此大的柱效率，以至于不再需要充分考慮分離問題了。這個時候，樣品兼容性、使用溫度、穩(wěn)定性、柱流失情況等，都可能成為選擇的主要理由。例如分析甲醇乙醇丙醇等低級醇類，正常應(yīng)選擇wax類高極性色譜柱。但是在雜質(zhì)較少的情況下，選擇db-1這樣的非極性柱具有更高的靈活性和使用壽命。具體選擇主要依據(jù)以下規(guī)則：
1)、因?yàn)榉菢O性毛細(xì)管色譜柱具有明顯的穩(wěn)定性、高使用溫度、良好的色譜峰型等有利因素，因此易分離物質(zhì)應(yīng)首先選用極性小的色譜柱。
2)、分析氫鍵型物質(zhì)用氫鍵型peg柱更佳。
3)、輕烴或*氣體用plot柱更佳。
4)、高苯基固定相對芳香族物質(zhì)保留能力更強(qiáng)。但是分析二甲苯等芳烴異構(gòu)體，wax類強(qiáng)極性色譜柱。
2、內(nèi)徑
毛細(xì)管色譜柱理論塔板高度與內(nèi)徑成正比。因此相同長度的毛細(xì)管，內(nèi)徑越小柱效率越高。但內(nèi)徑越小，通常意味著柱容量的減小，在分析低含量組分時，對檢測器靈敏度和進(jìn)樣口分流能力的要求越高。因此在選擇內(nèi)經(jīng)的時候，首先考慮的是樣品分析難點(diǎn)在于分離還是檢測。對于分離困難的樣品，較小口徑的色譜柱；對于含量過低檢測困難的樣品，較大口徑的色譜柱。在沒有分析難點(diǎn)的情況下，選擇小口徑毛細(xì)管色譜柱可以縮短柱長，減小分析時間。
3、柱長
柱長增加一倍，理論塔板數(shù)增加一倍，但同時分析時間也增加一倍，分離度由于與柱長的平方根成正比，因此理論上就只能夠得到0.414倍的增加，但實(shí)際得到的收益要更小。雖然如此，在分離度難以達(dá)到的時候，選擇更長的毛細(xì)管色譜柱，仍然是直接有效的方法。
4、膜厚。
膜厚并不能直接影響毛細(xì)管色譜柱的理論塔板高度，但他直接影響色譜柱的相比。越大膜厚，色譜柱的柱容量就越大，組分出峰的時間就越晚。在需要更大的進(jìn)樣量的情況下，厚膜色譜柱；在需要快速分析的情況下，薄膜色譜柱。